산으로 둘러싸인 아발로니아 땅에서 예거 클레이드와 그의 아들 서처는 새로운 세계를 탐험한다. 서처는 아발로니아의 주요 에너지원이 된 판도라는 식물을 발견한다. 25년 후, 서처는 아내 메리디언, 아들 이선과 함께 판도 농부가 되어 살아간다. 판도가 힘을 잃기 시작하자 아발로니아의 대통령 칼리스토 말은 원인을 찾기 위해 서처를 미지의 지하 세계 탐사대에 합류시킨다. 이선과 반려견 레전드가 몰래 탐사선에 탑승하게 되고, 이들은 초현실적인 생명체들이 사는 낯선 땅에서 예거와 예상치 못한 재회를 하게 된다.