첫 번째 영화의 사건으로부터 3년 후, 이제 부족장이자 뛰어난 항해사가 된 모아나는 다른 바다 민족들과 교류하기 위해 인근 섬들을 탐험한다. 그녀는 조상인 타우타이 바사로부터 악의적인 폭풍의 신 날로가 전설의 섬 모투페투를 가라앉혀 모든 섬 사이의 연결을 끊고 모아나 부족의 미래를 위협하고 있다는 계시를 받는다. 이를 막기 위해 모아나는 모투페투를 다시 떠오르게 할 방법을 찾아야 한다. 그녀는 로토, 모니, 켈레를 비롯해 동물 친구인 푸아와 헤이헤이 등 모투누이의 대원들을 모아 바다를 가로지르는 위험한 여정을 떠난다.
