첫 번째 영화의 사건으로부터 3년 후, 블루와 쥬엘은 리우데자네이루에서 비아, 칼라, 티아고 세 아이를 키우며 살고 있다. 한편, 블루의 주인인 린다와 그녀의 남편 툴리오는 아마존을 탐험하던 중 다른 스픽스마코앵무새들의 흔적을 발견한다. 이 소식을 들은 쥬엘은 아이들이 너무 길들여지는 것을 걱정하여 블루를 설득해 새로 발견된 무리를 찾으러 아마존으로 떠나기로 한다. 그들의 친구인 라파엘, 니코, 페드로도 이 여정에 합류한다. 그들이 모르는 사이, 이제는 날지 못하게 된 앵무새 나이젤 또한 새로운 동료인 개미핥기 찰리와 독화살개구리 가비의 도움을 받아 블루에게 복수하기 위해 아마존으로 향한다.
