과잉보호가 심한 흰동가리 말린은 아들 니모와 함께 그레이트 배리어 리프에서 살고 있습니다. 바라쿠다의 습격을 받은 후, 말린에게는 니모만이 남았고 그는 아들을 지키겠다고 맹세합니다. 몇 년 후, 탐험을 갈망하던 니모는 다이버들에게 붙잡히고 맙니다. 아들을 찾기로 결심한 말린은 바다를 가로지르는 여정을 시작합니다. 그는 단기 기억 상실증을 앓고 있는 블루탱 도리와 함께하게 됩니다. 시드니의 한 치과 진료실 어항에 갇히게 된 니모를 찾기 위해, 그들은 함께 여러 도전과 만남을 겪습니다.
