켄싱턴의 호화로운 아파트에서 애지중지 자란 애완용 쥐 로디 세인트 제임스는 하수구에서 올라온 쥐 시드가 나타나면서 평온했던 일상이 뒤집히고 만다. 몸싸움 끝에 변기 물에 휩쓸려 내려간 로디는 인간들이 버린 물건들로 지어진 하수구 속 번화한 도시 래트로폴리스에 도착한다. 그곳에서 로디는 자신의 배 재미 다저호를 타고 하수도를 누비는 재치 있는 청소부 리타 말론을 만난다. 로디는 집으로 돌아가기 위해 리타에게 도움을 청하지만, 쥐를 혐오하며 리타에게 개인적인 원한을 품고 있는 악당 두꺼비 때문에 그들의 여정은 험난해진다.
