몬트레서 행성에서 짐 호킨스는 여관을 운영하는 어머니 사라와 함께 살고 있다. 어느 날 빌리 본즈가 근처에 우주선을 추락시키면서 그들의 평온한 일상은 깨지고 만다. 빌리 본즈는 짐에게 신비로운 구체를 맡기며 사이보그를 조심하라는 경고를 남기고, 곧이어 해적들이 습격해 여관을 파괴한다. 짐과 사라, 그리고 천체물리학자 친구인 델버트 도플러 박사는 탈출에 성공하고, 그 구체가 전설 속의 보물 행성으로 향하는 홀로그램 성도임을 알게 된다. 그곳은 우주 해적 플린트 선장이 자신의 보물을 숨겨둔 장소였다. 도플러 박사는 보물 행성 탐사를 위해 아멜리아 선장과 일등 항해사 애로우 씨가 이끄는 RLS 레거시호를 의뢰한다. 짐은 선원으로 합류하여 요리사 존 실버 밑에서 일하게 되는데, 짐은 실버가 빌리 본즈가 경고했던 사이보그일지도 모른다는 의심을 품게 된다.
