해럴드 왕이 서거한 후, 슈렉과 피오나 공주는 겁나먼 왕국의 왕위를 물려받을 상황에 놓인다. 하지만 슈렉은 통치에 전혀 뜻이 없었고, 왕의 부재중에 섭정 역할을 하려던 그의 시도는 재앙으로 끝난다. 그러던 중 슈렉은 또 다른 잠재적 후계자인 피오나의 16세 사촌, 우스터셔 아카데미의 문제아 아서 '아티' 펜드래건의 존재를 알게 된다. 슈렉은 동키, 장화 신은 고양이와 함께 아티를 설득해 대신 왕으로 세우기 위한 여정을 떠난다. 한편, 프린스 차밍은 자신의 어머니인 요정 대모의 복수를 하고 왕국을 차지하기 위해 다른 동화 속 악당들을 규합하며 음모를 꾸민다.
