신혼여행을 마친 슈렉과 피오나 공주는 피오나의 부모인 해롤드 왕과 릴리안 왕비로부터 결혼을 축하하기 위해 겁나먼 왕국에서 열리는 무도회에 초대받는다. 동키와 함께 길을 나선 슈렉은 괴물인 자신의 모습으로 장인과 장모를 만나는 것을 주저하고, 피오나의 부모가 딸의 변한 모습에 불쾌함을 드러내면서 재회는 긴장감 속에 흐른다. 한편, 피오나에 대해 다른 계획을 품고 있던 요정 대모는 자신의 아들인 프린스 차밍이 피오나와 결혼할 수 있도록 슈렉과 피오나의 결혼 생활을 파탄 낼 음모를 꾸민다. 슈렉과 동키는 그녀의 계략을 저지하기 위해 새로운 동료인 장화 신은 고양이와 힘을 합쳐야 한다.
