유럽의 노르베니아라는 나라에 위치한 언덕 위의 도시 치즈브릿지 사람들은 아기를 납치해 살해했다는 소문이 도는 지하 괴물 박스트롤을 두려워하며 살아간다. 인간 소년 에그는 사실 평화롭고 밤마다 버려진 물건을 주워 모으는 이 박스트롤들에게 길러졌다. 도시의 해충 박멸업자인 아치볼드 스내처는 시장인 찰스 포틀리-라인드 경과 거래를 맺고, 박스트롤을 모두 박멸하는 대가로 권위 있는 화이트 햇 위원회에 들어갈 자리를 얻으려 한다. 이제 에그는 스내처의 박멸 작전으로부터 자신의 박스트롤 가족을 구하기 위해 나서야 한다.
