사막을 운전하던 섀기는 UFO를 목격한 뒤 실수로 미스터리 머신을 들이받고 만다. 섀기와 스쿠비 두는 외계인들과 마주치고, 그들에게 쫓겨 근처 마을로 도망친다. 나머지 미스터리 주식회사 일행인 프레드, 다프네, 벨마는 마을 주민들이 제보한 이상한 빛과 소리, 그리고 사라지는 가축들에 대해 조사한다. 사건을 깊이 파헤치던 섀기와 스쿠비는 외계인의 활동을 조사 중이라고 주장하는 크리스탈과 그녀의 반려견 앰버를 만난다. 일행은 사막에서 벌어지는 현상의 진실을 밝히기 위해 고군분투하는 와중에 정체불명의 외계인들과 군사 경찰 사이에서 곤경에 처하게 된다.
