뛰어난 미각과 후각을 지닌 쥐 레미는 전설적인 요리사 오귀스트 구스토에게 영감을 받아 요리사가 되는 꿈을 꾼다. 하지만 레미의 가족은 미식에 대한 열망보다 생존을 우선시한다. 대피 도중 무리와 떨어지게 된 레미는 파리에 도착해 구스토의 유명한 식당으로 이끌린다. 그곳에서 레미는 서툰 견습생 알프레도 링귀니와 뜻밖의 동업 관계를 맺는다. 레미는 링귀니를 조종해 그를 요리사로 내세우며 몰래 요리를 지도하고, 인간 세계와 식당의 별난 직원들 사이에서 겪는 어려움을 헤쳐 나가며 자신의 요리사라는 꿈을 이루어 나간다.
