원작 시리즈로부터 1년이 지난 뒤, 카딕 아카데미의 학생들인 아엘리타 셰퍼, 제레미 벨푸아, 오디 델라 로비아, 울리히 슈테른, 이쿠미 이시야마, 윌리엄 던바의 일상은 한때 그들이 물리쳤던 악성 인공지능 XANA가 강화된 힘을 지닌 채 신비롭게 다시 나타나면서 뒤흔들리게 된다. 지구를 XANA의 되살아난 위협으로부터 지키기 위해, 이들은 리요코 세계를 구동하는 프란츠 호퍼의 양자 슈퍼컴퓨터를 다시 가동한다. 이들은 리요코 전사로서의 역할을 되찾고, XANA의 다형성 유령들과 맞서 싸우기 위해 디지털 세계로 뛰어든다. XANA가 완전한 힘을 되찾아 인터넷을 장악하는 것을 막아야 하기 때문이다.
