기숙 학교인 카딕 아카데미의 천재적인 8학년 학생 제레미 벨포아는 버려진 공장 안에서 양자 슈퍼컴퓨터를 발견합니다. 이를 가동한 그는 네 개의 구역으로 이루어진 가상 세계 리오코와 그곳에 거주하는 인공지능 아엘리타의 존재를 알게 됩니다. 하지만 이 행동으로 인해 슈퍼컴퓨터 내부에 잠들어 있던 사악하고 지능적인 다중 에이전트 시스템 자나가 깨어납니다. 자나는 리오코에 있는 타워라는 구조물을 이용해 현실 세계에 접속하며, 전자 기기와 생명체를 조종해 혼란을 일으킵니다. 제레미는 친구인 오드 델라 로비아, 울리히 스턴, 유미 이시야마와 함께 리오코 전사들을 결성합니다. 그들은 아엘리타를 보호하고 감염된 타워를 비활성화하기 위해 리오코로 가상화하여 접속하며, 자나의 공격과 지구 정복이라는 최종 목표를 저지합니다.
