미국 엑스클러메이션이라는 가상의 마을에 위치한 클론 하이는 비밀 그림자 위원회가 군사 실험을 위해 비밀리에 운영하는 고등학교이다. 이 학교는 1980년대에 역사적 인물들의 능력을 미군이 활용하기 위해 만들어진 그들의 복제 인간들로 채워져 있다. 학생들 중에는 에이브러햄 링컨, 잔 다르크, 마하트마 간디, 클레오파트라, 존 F. 케네디의 청소년기 모습이 포함되어 있다. 교장이자 매드 사이언티스트인 시나몬 J. 스커드워스는 복제 인간들을 자신의 '클로니 아일랜드' 놀이공원에 이용하려 하며, 로봇 조수 미스터 버틀러트론의 도움을 받아 위원회의 계획을 종종 방해한다. 이 시리즈는 십 대 드라마를 패러디하며, 매 에피소드가 '아주 특별한 에피소드'로 소개되는 형식을 취한다.
