키다 여왕과 마일로는 결혼 후 아틀란티스의 심장을 사용하여 아틀란티스를 재건하는 데 힘쓰고 있다. 그러던 중 마일로의 옛 동료들과 프레스턴 휘트모어가 예기치 않게 찾아와 지상 세계에서 벌어지는 의문의 소동에 대한 소식을 전한다. 이 사건들은 기이한 생명체 및 현상들과 관련이 있으며, 키다는 이것이 고대 아틀란티스의 기술과 연관되어 있을지도 모른다고 의심한다. 일행이 이 사건들을 조사하는 동안, 키다는 아버지의 과거 결정과 아틀란티스의 미래를 만들어가는 자신의 역할 사이에서 고뇌하며 자신의 도시 너머의 세계에 대해서도 배워나간다.
