架空の都市ランドマーク・シティを舞台に、リー・インダストリーズのジェイナス・リーがテレビ番組のコンテストを通じて5人の若者をスカウトする。選ばれたアクセル・マニング、カタリナ・レオーネ、クレイ・キングストン、ザック・ホークス、オリー・シャーカの5人は、「A.T.O.M.（Alpha Teens On Machines）」というチームを結成する。彼らは実験的な乗り物や武器のテストを任され、それらを使って犯罪者たちと戦うことになる。彼らの最大の敵は、アクセルの父親の死に関与している犯罪組織のボス、アレクサンダー・ペインである。
