Gomennasai folgt den Missgeschicken eines anthropomorphen Hundes, der trotz seiner besten Absichten häufig unachtsame Fehler begeht. Seine Versuche zu helfen führen oft zu komischen Zwischenfällen, wie etwa, wenn er versehentlich einen Lehrer mit Schmutzwasser durchnässt, während er eigentlich putzen wollte. Die Serie konzentriert sich auf seine aufrichtigen Bemühungen, sich zu entschuldigen und seine Fehler wiedergutzumachen.
