Gomennasai suit les mésaventures d'un chien anthropomorphe qui, malgré ses meilleures intentions, commet fréquemment des erreurs par négligence. Ses tentatives pour aider mènent souvent à des péripéties comiques, comme lorsqu'il trempe accidentellement un professeur avec de l'eau sale en essayant de nettoyer. La série se concentre sur ses efforts sincères pour s'excuser et réparer ses erreurs.
